Военные 1941 – 1945 годы были очень тяжелыми для всей страны, для Архангельска, для института. Город Архангельск стал военным городом и объектом интенсивных налетов немецкой авиации. Осенью 1941 года институт был эвакуирован в Сыктывкар. Некоторые сотрудники были призваны в армию.

В Архангельске осталась одна лесная исследовательская группа, состоящая из 4 человек. Группа была преобразована в научно-исследовательский стационар под названием Северной Базы Академии наук СССР. Руководителем базы назначен доктор биологических наук Александр Иннокентьевич Толмачев.

Тематика научных исследований преимущественно была привязана к нуждам военного времени:

• велось изучение древесины сосны авиационного назначения на предмет использования ее в самолетостроении (Мелехов И.С.);
• изучались лекарственные свойства древесных и травянистых растений, способных послужить источником для получения витаминных продуктов или лекарственного сырья (Корконосова Л.И., Толмачев А.И.);
• проводились ботанические обследования зарослей растений витаминоносителей и лекарственных растений в привычегодских районах Архангельской области.

Толмачев А.И. планировал работы с приоритетом лесохозяйственной и лесопромышленной тематики в будущем, говорил о необходимости укрепления лесохозяйственной группы как ядра Архангельского научного стационара.

Большая поддержка в организации и становлении научного стационара в Архангельске, а также в финансировании лесной тематики была оказана главным лесничим Архангельского управления лесного хозяйства Иваном Федоровичем Преображенским.

К большому сожалению, при эвакуации значительная часть архива Северной базы погибла, сохранилось лишь несколько документов.